Co je soubor Protein Data Bank (PDB)? Jak jej otevřít a zobrazit ve Windows 11?

Soubor proteinové databanky (PDB) je formát souboru používaný k ukládání trojrozměrných biologických dat. Soubory PDB se běžně používají k ukládání dat o proteinech, nukleových kyselinách a dalších biomolekulách. Soubory PDB lze prohlížet různými způsoby, včetně softwaru, jako je PyMOL a VMD. Ve Windows 11 můžete otevřít soubor PDB tak, že přejdete do Průzkumníka souborů, kliknete na kartu Zobrazit a poté vyberete možnost zobrazit skryté soubory a složky. Jakmile to uděláte, měli byste být schopni najít soubor PDB, který chcete zobrazit. Soubory PDB jsou důležitým nástrojem pro vědce pracující s biomolekulami, protože umožňují vizualizaci a analýzu dat ve třech rozměrech. Pochopení toho, jak otevřít a prohlížet soubory PDB, je tedy důležitou dovedností pro každého, kdo pracuje v oblasti bioinformatiky nebo výpočetní biologie.

Soubory Protein Data Bank (PDB). jsou trojrozměrné molekulární soubory, které uchovávají molekulární struktury. Nyní, pokud vás zajímá, jak otevřít takové soubory na PC, tento příspěvek vás bude zajímat. Zde budeme podrobně diskutovat o souborech PDB a o tom, jak tyto soubory zobrazit ve Windows 11/10. Takže, bez dalších řečí, pojďme se na to podívat!

Co je soubor Protein Data Bank (PDB)?

Proteinová databanka (PDB) je databáze 3D strukturních dat pro proteiny, nukleové kyseliny a další velké molekuly. Soubor z HDP Přípona souboru je v podstatě soubor obsahující data související se strukturou 3D biologické molekuly. Data zahrnují atomové souřadnice, atomové struktury, atomovou konektivitu, proteinovou strukturu, strukturu nukleové kyseliny a další. Obsahuje také experimentální metadata.

Tento formát souboru je široce používán v bioinformatice pro výměnu proteinových souřadnic. Obsahuje tisíce řádků popisujících strukturu proteinu. Nyní, pokud chcete číst nebo prohlížet soubory PDB na počítači se systémem Windows, musíte použít vyhrazený nástroj třetí strany, protože pro to neexistuje žádná nativní aplikace. V tomto příspěvku budeme diskutovat o různých způsobech zobrazení souboru PDB ve Windows 11/10.

Jak zobrazit soubor Protein Data Bank (PDB) ve Windows 11?

Existují dva způsoby, jak zobrazit soubor Protein Data Bank (PDB) ve Windows 11/10, a to:

1. K prohlížení souborů PDB použijte bezplatný software.
2. Vyzkoušejte bezplatný online nástroj pro čtení souborů PDB.

1] K prohlížení souborů PDB použijte bezplatný software.

Můžete použít software Windows třetí strany, který vám umožňuje otevírat a prohlížet soubory PDB. Pro Windows je k dispozici několik bezplatných desktopových aplikací, které můžete vyzkoušet. Zde je několik dobrých, které můžete použít:

• IQmol
• Swiss-PdbViewer
• Cumol
• Molekula
• RasMol

A] IKmol

IQmol je bezplatný a open source molekulární editor a vizualizační software pro Windows 11/10. Pomocí něj můžete prohlížet PDB a také různé další soubory 3D molekul jako MOL, SMI, CUBE, XYZ atd. V tomto softwaru najdete všechny důležité nástroje pro molekulární vizualizaci. Tyto nástroje sahají od základních po pokročilé. Kromě prohlížení souboru PDB můžete také upravovat molekulární strukturu.

To vám umožní otevřít více souborů PDB současně a zobrazit je všechny současně. Na panelu Zobrazení modelu můžete povolit nebo zakázat vykreslování jednoho nebo více souborů PDB.

Hlavní vlastnosti IQmol:

Funkce tohoto bezplatného a otevřeného prohlížeče souborů PDB, na které se můžete podívat, jsou:

• Najdete zde všechny standardní nástroje pro procházení souborů, včetně přiblížení/oddálení (kolečkem myši), posouvání, otáčení, zobrazení na celou obrazovku, resetování zobrazení, zobrazení os atd.
• Umožňuje upravit vzhled modelu úpravou parametrů, jako je shader, okolní světlo, difúze, síla mlhy, zvýraznění, intenzita šumu, parametry POV-Ray atd.
• Můžete také přidat atomové značky, jako je atomová hmotnost, částečný náboj, NMR, hustota rotace atd.
• To vám umožní upravit nastavení fotoaparátu podle vašich představ. Můžete upravit projekci kamery, polohu atd.
• mít pohodlné Automatické otáčení funkce, která umožňuje automaticky otáčet molekulárním modelem.
• Aktuální reprezentaci proteinové struktury můžete uložit ve formátu obrázku, jako je PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS atd.
• Umožňuje také převádět PDB na jiné soubory molekul pomocí funkce „Uložit jako“. Podporované výstupní formáty: XYZ, MOL, MOL2, CML atd.
• Můžete to také použít Výpočet funkce pro výpočet energie molekulové struktury, síly, PES sken, přechodový stav, chemické posuny, geometrie, energie rozkladu, korekce BSSE, a tak dále.

Kromě funkcí prohlížení získáte speciální nabídku Build se sadou funkcí molekulární konstrukce. Mezi tyto funkce patří přidávání nových atomů, vkládání nových molekul, minimalizace struktury, nastavení izotopů a další.

Jedná se o opravdu dobrý software pro molekulární modelování, pomocí kterého můžete vizualizovat soubory Protein Data Bank na vašem PC. Pokud se vám líbí, stáhněte si odtud .

Vidět: Chem4Word je chemický doplněk pro Microsoft Word. .

B] Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer je speciální bezplatný prohlížeč souborů PDB pro Windows 11/10. Umožňuje vám vizualizovat a analyzovat několik proteinových struktur současně. Můžete analyzovat strukturu proteinu, strukturu DNA atd. obsažené v souboru PDB. Kromě souboru PDB vám také umožňuje otevírat a prohlížet soubory MOL a MMCIF.

Když otevřete soubor PDB, na rozhraní se zobrazí 3D pohled spolu s oknem ovládacího panelu. Ovládací panel obsahuje obecné informace, seznam a název souboru. Strukturu můžete snadno posouvat, otáčet, přibližovat/oddalovat atd.

Umožňuje také zobrazit nebo skrýt povrch bodu, základnu, vodíkové vazby, vektory síly a další podle vašich preferencí. Pro lepší analýzu struktury můžete také zvýraznit různé části různými barevnými schématy. Kromě toho můžete použít funkce zobrazení, jako je Render in Solid 3D, Render POV, Display Labels a další.

Kromě vizualizačních nástrojů získáte také spoustu funkcí pro molekulární modelování. Kromě toho nabízí také výpočet energie, výpočet H-vazby, doménovou analýzu, detekci domén, vytváření 3D motivů, vytváření krystalografické symetrie a další nástroje.

Můžete si jej stáhnout z Oficiální stránka .

Číst: Nejlepší bezplatný software pro analýzu napájení pro Windows 11/10.

C] QMol

Cumol je další bezplatný prohlížeč PDB pro Windows 11/10. Jedná se o nástroj pro vizualizaci makromolekulární struktury, pomocí kterého můžete prohlížet soubory PDB. Další soubory, které v něm můžete otevřít a zobrazit, jsou DX, MAP, MTZ, CNS atd.

Umožňuje přepínat mezi perspektivním a ortografickým pohledem, otáčet model, přibližovat/oddalovat atd. Model můžete vykreslit pomocí POV-Ray a jeho animačních metod vykreslování. Vykreslenou strukturu lze uložit ve formátu PNG. K dispozici je také nástroj pro měření, který umožňuje měřit vzdálenost, úhel a zkroucení v modelu.

Můžete také najít některé další nástroje pro další analýzu struktury proteinů. Mezi tyto nástroje patří Molekulární superpozice, Mol povrchová fréza, Mol povrchová generování, Mol vazebný editor, interakční analýza, Mol morph animace, a tak dále.

Je to dobrý software pro vizualizaci a analýzu proteinové struktury přítomné v souborech PDB.

Vidět: Možnost .LIT # Jak převést LIT na EPUB nebo MOBI ve Windows?

software pro zálohování e-mailů

D] Molekuly

Dalším softwarem prohlížeče PDB na tomto seznamu je Molekel. Jedná se o poměrně starý, ale výkonný software pro molekulární vizualizaci, který vám umožňuje otevírat a prohlížet soubory PDB. Můžete najít mnoho molekulárních vizualizačních a analytických nástrojů, které vám umožní analyzovat proteinové struktury.

Umožňuje přizpůsobit zobrazení molekul, atomů, vazeb, zbytků atd. Pro každý z nich si můžete vybrat různé typy zobrazení, např. Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicylinder, Wire, Stick, Linear Tape atd. Kromě toho můžete upravit vlastnosti 3D pohledu, zobrazit/skrýt ohraničující rámečky, použít shadery atd. Umožňuje prohlížet soubor PDB změnou elektronové hustoty povrchu struktura a přidání povrchu dostupného pro rozpouštědlo do struktury.

můžeš najít Animace funkce v něm přehrát animaci struktury molekuly. Má také speciální nabídku „Analýza“ s příslušnými nástroji. Pomocí analytických nástrojů můžete pro strukturu určit data mřížky, hustotu rotace, molekulární elektrostatický potenciál, emisní spektrum, vzdálenost, úhel a další.

Umožňuje také převádět soubory PDB do různých formátů souborů. Mezi tyto formáty patří PDF, PS, EPS a Image. Pokud se vám to líbí, můžete to získat Tady .

Číst: Complete Anatomy App je hodné stažení pro Windows. .

E] Rasmol

RasMol můžete také použít k zobrazení souborů PDB ve Windows 11/10. Je to bezplatný software s otevřeným zdrojovým kódem, který vám umožňuje vizualizovat a analyzovat molekulární struktury. Podporuje také otevírání a prohlížení dalších souborů jako MOL, XYZ, CIF, MOPAC atd.

Umožňuje zobrazit strukturu jako rám, osnovu, pruty, stuhy, prameny atd. Různé části struktury můžete také zvýraznit různými barvami. Umožňuje také zobrazit nebo skrýt atomy vodíku, heteroatomy, stíny, štítky atd. podle vašich preferencí. Můžete také měřit vzdálenost, kroucení, úhel a další hodnoty ve struktuře.

Tento software je k dispozici Tady .

Vidět: Nejlepší bezplatný software 3D lidské anatomie pro Windows.

2] Vyzkoušejte bezplatný online nástroj pro čtení souborů PDB.

K otevření a zobrazení souborů PDB můžete také použít bezplatný online nástroj. Pro zobrazení stačí web otevřít ve webovém prohlížeči a stáhnout si soubor PDB. Zde jsou některé dobré bezplatné online prohlížeče PDB, které můžete vyzkoušet:

• RCSB PNR
• Molsoft

A] RCSB PNR

systém Windows nemohl spustit službu zásad diagnostiky

Tento bezplatný online nástroj s názvem RCSB PDB můžete použít k vizualizaci souborů datové banky proteinů. Umožňuje vám importovat soubor PDB a poté vizualizovat a analyzovat jeho molekulární strukturu.

Můžete najít některé základní funkce vizualizace, jako je přiblížení, otočení, rozšířené přepínání zobrazení portu, resetování kamery, přepínání režimu výběru atd. Umožňuje také upravit některá nastavení nebo možnosti ovládání, jako je režim fotoaparátu (perspektivní nebo ortografický), barva pozadí, /vypnuto. zakázat okluzi, povolit/zakázat mlhu, oříznutí, umístění atd.

Přichází s Animovat funkce. Pomocí toho můžete automaticky otáčet proteinovou strukturou. Díky tomu můžete upravit rychlost otáčení a úhel. Získáte také oddaný Měření nástroj v něm. Pomocí tohoto nástroje můžete zjistit více hodnot, jako je vzdálenost, orientace, úhel a další.

Kromě těchto funkcí je k dispozici několik dalších užitečných nástrojů: vyhledávání motivů struktury, přidávání komponent, export animace, export geometrie (STL, OBJ atd.) a export modelu.

Celkově vzato je to opravdu dobrý bezplatný online prohlížeč PDB se skvělou sadou vizualizačních nástrojů. Si můžete vyzkoušet Tady .

B] Molsoft

Molsoft je další online nástroj, který lze použít k vizualizaci struktur PDB. Jedná se o jednoduchý prohlížeč souborů PDB se základními funkcemi. Nejprve jej otevřete Webová stránka a klikněte na možnost nabídky tří pruhů. Poté vyberte možnost „Otevřít“ a importujte lokálně uložený soubor PDB nebo nahrajte soubor z Disku Google. Když vyberete soubor, zobrazí se vám molekulární struktura v prohlížeči.

Pro vizualizaci struktury můžete použít různé režimy zobrazení. Tyto pohledy zahrnují drátěný model, kreatinfosfokinázu (CPK), kouli a tyč, stuhu a další. Mezi těmito režimy zobrazení můžete snadno přepínat podle svých požadavků. Kromě toho vám umožňuje povolit nebo zakázat značení atomů, značení zbytků, vodíkové vazby a místa pro lepší pochopení struktury.

Poskytuje také nástroje pro měření. V modelu můžete měřit vzdálenost, plochý úhel a úhel zkroucení. Navíc je k dispozici šikovná funkce Color by, která umožňuje obarvit strukturu podle typu atomu, řetězce, zarovnání, sekundární struktury atd.

Toto je další dobrý online prohlížeč souborů PDB, který si můžete vyzkoušet zdarma.

Jak stáhnout soubor PDB z Protein Data Bank?

Chcete-li stáhnout soubor PDB z Protein Data Bank, můžete navštívit web Protein Data Bank, zadat a vyhledat název proteinu nebo makromolekuly, jako je lidský hemoglobin, chitináza atd. Poté vyberte soubor z výsledků vyhledávání a použijte možnost stažení ke stažení souboru PDB. Tak jednoduché.

Jak zobrazit struktury PDB?

Molekulární struktury PDB lze zobrazit pomocí specializovaného online nástroje nebo softwarové aplikace. Pro vizualizaci a analýzu struktur PDB na vašem PC můžete vyzkoušet bezplatný software jako IQmol, Swiss-PdbViewer a CueMol. Pokud dáváte přednost použití online nástroje, existuje mnoho možností. Zkuste například webové služby jako RCSB PDB a Molsoft. Jedná se o bezplatné online prohlížeče souborů PDB, které poskytují pokročilé nástroje pro molekulární vizualizaci a analýzu.

Jak převést soubor PDB do PDF?

Chcete-li převést soubor PDB do PDF, můžete použít tuto bezplatnou desktopovou aplikaci s názvem Molekel. Poskytuje speciální možnost „Uložit do PDF“, která umožňuje převést soubor PDB do formátu PDF. Můžete otevřít soubor PDB a poté kliknutím na 'Soubor' > 'Uložit do PDF' převést PDB do PDF. Tento software jsme podrobně probrali v tomto příspěvku, podívejte se na něj výše.

To je vše.

Nyní čtěte: Nejlepší bezplatný software pro molekulární modelování pro Windows.